Agnes dilahirkan pada 1 Julai 1986 di Jakarta, Indonesia, dalam sebuah keluarga berketurunan Cina. Beliau ialah anak bongsu kepada Jenny Siswono, bekas pemain tenis meja, dan Ricky Muljoto, bekas pemain bola keranjang. [2][3][4] Abangnya, Steve Muljoto, adalah pengurusnya.[5] Beliau telah menghadiri Sekolah Rendah Tarakanita dan Pelita Harapan.[6] Bakatnya dalam seni persembahan telah menyaksikan di zaman kanak-kanak, terutama dalam bidang nyanyian. Beliau menyanyi di gereja dan turut dihantar ke kursus vokal.[6]

Menggunakan Agnes Monica sebagai nama pentas, beliau memasuki industri hiburan pada tahun 1992 dengan album kanak-kanak pertama beliau, Si Meong.[2] Pada tahun 1995, beliau mengeluarkan album kanak-kanak kedua beliau, Yess!, yang termasuk duet dengan rakan-rakan penyanyi kanak-kanak Indonesia, Eza Yayang. Album kanak-kanaknya terakhir, Bala-Bala, telah dikeluarkan pada tahun berikutnya.[2][7] Agnes juga menjadi hos bagi beberapa program kanak-kanak, termasuk Video Anak Anteve (VAN) di Anteve, Tralala-Trilili di RCTI, dan Diva Romeo di Trans TV. Beliau telah dianugerahkan "Most Favorite Presenter of Children's Program" di Anugerah Panasonic pada tahun 1999 dan 2000 untuk Tralala-Trilili.[8]

Agnes mula berlakon sebagai seorang remaja. dua peranan pertama beliau berada di lipur lara: Lupus Millenia dan Mr. Hologram pada tahun 1999.[6] Pada tahun berikutnya, Agnes membintangi siri TV, Pernikahan Dini,[2] sebagai titik perubahan dalam kerjayanya dengan mengubah imej beliau dari seorang artis kanak-kanak kepada salah satu daripada artis remaja.[8] Penerbitan yang telah diterima baik oleh penonton, dan beliau menerima anugerah "Pelakon Kegemaran" pada tahun Anugerah Panasonic 2001/02, serta anugerah "Pelakon Terkenal" di Anugerah SCTV 2002.[8] Pada tahun 2002, Mo membintangi tiga drama lipur lara: Ciuman Pertama, Kejar Daku Kau Ku Tangkap, dan Amanda. Berikutan popularitinya, beliau menjadi artis remaja bergaji tertinggi di Indonesia.[9]

Agnes memulakan kebangkitan beliau dalam industri muzik dengan Melly Goeslaw menulis lagu "Pernikahan Dini" dan "Seputih Hati" untuk runut bunyi Pernikahan Dini. Kedua-dua lagu telah dimuatkan dalam album kompilasi 2001, Love Theme.[10] Agnes menandatangani perjanjian rakaman dengan Aquarius Musikindo dan mula bekerja untuk album kejayaan remaja beliau. Beliau juga bekerjasama dengan penyanyi senior Indonesia, Yana Julio, dalam lagu "Awan dan Ombak" untuk album studio 2002 beliau, Jumpa Lagi.[11]